E-learningowym system kształcenia to niestety nie tylko zalety. Każdy, który chce skorzystać z tego sposobu zdobywania wiedzy powinien sobie zdawać sprawę, że posiada on także następujące wady:
występuje duży koszt przygotowania materiałów szkoleniowych (zakup oprogramowania, utrzymania serwerów, wykorzystania nowoczesnych technologii, a wiec i wysokowyspecjalizowanych osób, które umieją je wykorzystać),
trudność znalezienia wysokowyspecjalizowanych osób, które umieją połączyć wiedzę tematyczną z umiejętnością wyobrażenia sobie innych niż tradycyjne metod kształcenia,
konieczność zbudowania zespołu składającego się z ludzi o rożnych kwalifikacjach,
duży koszt profesjonalnych platform;
duży koszt wdrożenia (zakup platformy, sprzętu);
brak bezpośredniego kontaktu z prowadzącym;
brak motywowania szkolonego ramami czasowymi wyznaczonymi przez spotkania w ramach szkoleń prowadzonych w sposób tradycyjny, a co za tym idzie konieczność posiadania silnej motywacji oraz chęci do uczenia się,
konieczność posiadania Internetu, często także dostępu do niego w postaci szybkiego łącza,
brak integracji z innymi szkolonymi, a co za tym idzie mniejsza motywacja i mniejsza możliwości porównania się z postępami innych osób,
problemy z ewaluacją.